本发明提供一种基于自监督学习的混响抑制方法、系统及存储介质，包括：采集主动声呐阵元接收的信号并进行预处理；对预处理后的信号计算出声呐阵元相关性最大的方向确定为目标方向，补偿各阵元与目标方向之间的相移；基于补偿后的阵元数据通过自监督混响抑制网络模型对各阵元数据进行混响抑制，输出去混响结果；基于所述去混响结果将各阵元通道数据进行波束形成，完成混响抑制后的结果输出。通过本发明解决了现有声呐混响抑制效果差问题。